Una vez, los hombres de Efraín cuestionaron a Gideon, irritados por no ser convocados a luchar contra Madián. Gideon, sin embargo, responde humildemente, reconociendo la grandeza de sus hazañas en comparación con las suyas y señalando que Dios ha entregado en sus manos a los príncipes de Madián. Esta respuesta calmó su ira.
A pesar de estar agotados, Gideon y sus trescientos hombres cruzaron el Jordán continuando su persecución. En su camino, pidió alimentos a los hombres de Sucot para alimentar su ejército que se debilitaba. Sin embargo, los príncipes de Sucot, dudando del éxito de la misión de Gideon, se negaron a proporcionarle el pan solicitado. Gideon, en un tono de advertencia, prometió tratar a los habitantes de Sucot y Penuel con espinos y abrojos si lograba capturar a los reyes de Madián, Zeba y Zalmuna.
Gideon, continuó su misión y logró desalentar al masivo ejército de Madián, derrotando a ambos reyes, Zeba y Zalmuna. Al regresar de la batalla, Gideon capturó a un joven de Sucot y le hizo describir a los líderes de la ciudad. Luego se enfrentó a los habitantes de Sucot y Penuel como había prometido, infligiendo un castigo ejemplar hasta derribar la torre de Penuel y matar a los hombres de la ciudad.
Cuando Gideon confrontó a Zeba y Zalmuna sobre su cruel acto de matar a sus propios hermanos, ellos respondieron con indiferencia. Lleno de ira, Gideon ordenó a su hijo mayor que los matara. Sin embargo, el joven temía la acción por su poca experiencia. Entonces, Zeba y Zalmuna desafiaron a Gideon a matarlos él mismo, acto que cumplió sin vacilar.
Tras estas hazañas, los hombres de Israel pidieron a Gideon que gobernara sobre ellos y su futura descendencia, pero Gideon se rehusó, proclamando que sólo Jehová gobernaría sobre ellos. En lugar de reinar, Gideon solicitó que cada hombre le diera los pendientes de oro que obtuvieron en la batalla. A cambio, Gideon hizo un efod, una vestidura sacerdotal, que se colocó en su ciudad, Ofrá.
Gideon, también conocido como Jerubaal, tuvo setenta hijos de sus diversas esposas y un hijo de su concubina en Siquem, al que llamó Abimelec. Envejeció y murió tranquilamente y fue sepultado en la tumba de Joás, su padre.
Después de la muerte de Gideon, los hijos de Israel se volvieron a su antigua práctica de venerar a los ídolos, olvidándose de Jehová quien los había liberado de tantos enemigos. Abandonaron la bondad y la gratitud, olvidándose de las acciones heroicas de Gideon.